双方可以协商约定谁出，通常是由卖方支付房改房的土地出让金。房改房以前一般都是单位上的福利房，当时的土地性质是由国家出资70%、单位出资30%，以取得土地的出让权。房改以后将土地划归个人所有，可以进行上市交易，但是单位发放的土地证是大证，现在需要支付土地出让金以获得土地使用权。土地的性质一般还是划拨，不同城市可能会有所不同。
收取房屋改造房土地出让金的标准
根据《中华人民共和国城市房地产管理法》，凡改变土地用途和容积率的，应按规定补交不同用途和容积率的土地差价。商品房二次交易只需由卖方补交2%的土地出让金，交易后的房屋性质应为商品房性质。房屋产权时间从产权证发放之日计算。
房改房是按照国家规定，以成本价或标准价出售给职工、享受国家一定优惠政策的房屋。其产权证可分为按成本价购买的和按标准价购买的，区别在于成本价购买的产权全部归购买者，可上市交易，而标准价购买的职工需补交购房差价款后，才能获得全部产权，方可上市交易，但表达收益权存在一定限制。上市交易后以标准价进行再次转售的房改房，必须符合商品房出让使用权的相关规定。
拥有100%的产权证明，您拥有对该房屋的使用、占有、处置、收益的全部权利，即所谓的全产权，可以在不经过原产权单位同意的情况下，进行自由处置，如果房屋拥有全部产权，且已有房产证，就可以进行房屋交易。